A transzfer membrán kiválasztásakor meg kell határozni a membrán típusát és a pórusméretet a célfehérje molekulatömege, hidrofobicitása és egyéb jellemzői, valamint a downstream alkalmazások követelményei alapján. A legtöbb fehérje 0,45 µm pórusméretű membránokat használhat, míg az alacsony molekulatömegű fehérjékhez vagy peptidekhez (kDa) a 0,1 vagy 0,2 µm pórusméretű membránok javasoltak. A PVDF membránok előnyös választás a hidrofób fehérjék (például membránfehérjék) számára.
A különböző membránok eltérő előkezelési lépéseket igényelnek. A PVDF membránok erősen hidrofóbok, és metanollal vagy etanollal történő nedvesítéssel aktiválni kell őket, mielőtt a transzfer pufferbe merítenék. A nitrocellulóz és nejlon membránok általában közvetlenül a transzfer pufferben ekvilibrálhatók.
A fő elektrotranszfer módszerek közé tartozik a nedves elektrotranszfer, a félig{0}}száraz elektrotranszfer és a száraz elektrotranszfer. A nedves elektrotranszfer a fehérje molekulatömegének szélesebb tartományára alkalmas, míg a félig{2}}száraz elektrotranszfer gyorsabb, de alkalmasabb kis molekulákhoz.
A transzfer pufferben lévő metanol koncentráció befolyásolja a fehérjekötődést és a gél zsugorodását. Az áramot, a feszültséget és az időt optimalizálni kell, hogy megakadályozzuk a fehérje behatolását a membránon. Annak érdekében, hogy a membrán a következő lépésekben ne száradjon ki, a fel nem használt PVDF membránokat le kell zárni és hűvös, száraz helyen kell tárolni.